Манастир Светог Николе заједно са манастиром Пресвете Богородице је најстарија задужбина великог жупана Стефана Немање. Подигнута је између 1152. и 1166. године. Биографи преподобног Симеона Мироточивог се слажу у једном, да је по зидању манастира дошло до сукоба између Немање и његове браће, који су му оспорили ктиторски рад. У овом сукобу Стефан Немања је изашао као победник и 1168. постао велики жупан. Убрзо је поред манастира изградио двор, а Куршумлија је, тада позната под именом Беле Цркве, постала седиште жупаније.
Шта се догађало са манастиром након Косовске битке 1389. године и турског освајања Топлице 1453. године није довољно познато. У овом периоду вођене су тешке борбе, што наводи на мишљење да је манастир пострадао. Након Велике сеобе Срба 1690. године завладала је тишина. У једном тренутку Турци су скинули оловни кров са цркве и излили куршуме. Отуда је потекао и савремени назив града – Куршумлија.
По ослобођењу Топлице, Феликс Каниц пише да оно што је остало и даље представља једно од најлепших дела средњовековне српске зидане архитектуре. Први потез на заштити ове светиње направио је Народни музеј из Београда 1910. године, када је направљена кровна конструкција. После Другог светског рата настављено је са обновом, која је са прекидима трајала све до 2003. године. Комплекс манастира Светог Николаја је 1947. године стављен под заштиту Државе, као културно добро од изузетног значаја.