У време аустријско – турског рата 1717 – 1723. године Папраћа је јако пострадала. Три стотине турских војника спалили су и опљачкали манастир. Материјал са цркве употребљен је за градњу џамије. Том приликом и цивилно становништво је избегло и пронашло уточиште у Србији и Посавини. Црква је обновљена 1869. године. Братство се вратило 1880. године, и сместило у нови конак који је завршен 1905. године. Две године касније у манастиру са радом почиње и школа.
Период Другог светског рата манастиру Папраћа доноси прогон, нову пустош и оштећења. Црква је коришћена за држање стоке.
Црква манастира Папраћа убраја се у ред најмонументалнијих манастирских цркава на простору БиХ. Архитектонски гледано она припада моравској школи. Сачувани фрескопис упућује такође на одлике моравске уметности. Историчари уметности га сврставају у тридесете године 16. века. Велики број вредних икона налази се не само у манастирској цркви него и у конаку. Представљају дела познатог српског иконописа 19. века. Рад су Милије Марковића из Београда а приложио их је познати задужбинар, Миша Анастасијевић, „капетан Миша“ из Београда 1857. године.